三井情報開発が高速、高精度にSNP検出を行うソフトウェアをリリース

報道関係者各位
プレスリリース　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 2004年3月11日
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　三井情報開発株式会社
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　 三井情報開発が高速、高精度にSNP検出を行うソフトウェアをリリース
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三井情報開発株式会社（本社：東京都中野区、代表取締役社長：鈴木 浩一）
は、シーケンスデータを用いて高速、高精度にSNP検出(*1)を行うソフトウェ
ア「波平」を2004年の3月15日から正式にリリースすると発表しました。

ヒトゲノムの全配列決定を受け、患者の個体に合わせた薬剤の使い分けなどの
医療の個別化、すなわちオーダーメイド医療の実現のため、SNP解析は注目さ
れています。SNP解析で最初に重要となるのはSNPをより効率よく検出すること
であり、PCR-SSCP法やPTT法とならんで、シーケンシング法によるSNP検出が広
く行われるようになりました。

しかし、シーケンシング法によるSNP検出では、シーケンスのノイズによる間
違ったSNP候補の検出や、ヘテロのIndel(*2)の下流域でシーケンス波形が乱れ
ることによって解析ができなくなってしまうという問題がありました。

「波平」は、国立がんセンターにおけるミレニアム・ゲノム・プロジェクトの
なかで開発されたアルゴリズムを基に開発されました。
同プロジェクトでは疾患関連遺伝子の探索のために大量のSNP候補を高速、高
精度にタイピングする必要がありましたが、このアルゴリズムを用いることに
よって解析スピードが大幅に向上いたしました。

「波平」は、シーケンスデータの読み込みから解析までを自動で行うことがで
き、さらに結果の参照と修正を効率よく行うため、波形ビューワーやアライン
メントビューワーといった使いやすいグラフィカルユーザーインターフェース
を備えております。
さらに大量のデータ解析においても、内蔵したデータベースに格納し、効率よ
くデータ管理を行うことができます。

内部の解析アルゴリズムとしては、広く用いられているPolyPhred（米国
University of Washington製）を自動実行することが可能であり、さらに
PolyPhredの結果から偽陽性のSNP候補を絞り込むため、独自のスコアリングを
行います。さらに、国立がんセンターで開発されたアルゴリズムを改良した
Trace Resolverを搭載しており、Indelを高精度に検出することが可能となっ
ております。

三井情報開発からは波平のシステムサポート、導入サポートサービスも提供さ
れますので、ユーザーは同システムを安心してご利用いただくことができます。

三井情報開発ではこれまで数々の国家プロジェクトにおける研究開発成果を、
遺伝子発現解析システム(Genomic Profiler)、検体提供者情報匿名化システム
(SCTS21)、遺伝子ネットワーク同定支援システム(VoyaGene)などとして発表し
てまいりました。三井情報開発はバイオインフォマティクス企業の先駆者とし
て、今後も研究所、大学、TLO機関等と連携しながら、国内の研究成果の産業
応用を進めてゆきます。

三井情報開発株式会社：
三井情報開発株式会社は、1967年に三井物産株式会社の情報システム部門から
分離独立して設立されました。最新のネットワーク技術を駆使した幅広いITソ
リューション事業、先端分野のセンサーであるシンクタンク事業に加え、成長
市場として注目されているバイオサイエンス事業においては1975年以来、調査、
研究開発、パッケージ販売において数多くの実績を有しております。2001年東
証二部上場。従業員数874人(内、バイオサイエンス事業57人。2003年3月末現在)。

*1　SNPはsingle nucleotide polymorphism(一塩基多型)の略であり、DNAの塩
　　基配列上で個人ごとに塩基配列が一塩基だけ異なっているものです。
　　生活習慣病などの遺伝的要因における個人差にも関係していると考えられ
　　ています。

*2　IndelとはInsertion・Deletionの略称であり、2本の相同染色体のうち一
　　方に挿入・欠失が入っている場合(ヘテロのIndel)、両方の染色体が他の
　　個体のものと比べて挿入・欠失が入っている場合(ホモのIndel)があります。

クレジット
※波平の著作権は三井情報開発(株)に帰属します。
※波平は、三井情報開発(株)の登録商標です。
※波平は、国立がんセンター研究所で考案されたIndel検出機能のアルゴリズ
　ム（特許出願No.2002-10851）とフィルタ機能のアルゴリズムに関して
　(株)ジェノックス創薬研究所から実施許諾権を取得し、三井情報開発(株)で
　開発したものです。
※PHRED/PHRAP/CONSED/POLYPHREDは、米国University of Washingtonが著作権
　を保持しており、波平とは別個の製品です。
※PHRED/PHRAP/CONSED/POLYPHREDは米国University of Washington、
　CodonCode社他のディストリビューターから入手することも可能です。また、
　教育機関、非営利機関のユーザーは同ソフトウェアを無償で入手することが
　可能です。詳しくは
http://www.phrap.org/
http://droog.mbt.washington.edu/PolyPhred.html
　をご覧ください。
※製品仕様は改良のため、予告なく変更することがあります。
※この文書に記載された製品名、会社名等は、各社の商標または登録商標です。


お問い合わせ：
三井情報開発株式会社
バイオサイエンス本部　プロダクトソリューション部
電話: 03-5304-7212　FAX: 03-3375-2870　E-MAIL: biosoft@hydra.mki.co.jp
〒164-8721　東京都中野区本町1丁目32番2号 ハーモニータワー21階
URL: http://bio.mki.co.jp/


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